Монастырь основан как мужской в 1635 году царём Михаилом Фёдоровичем в память своего родителя — Патриарха Филарета, скончавшегося в праздник Покрова Богородицы. Ранее на месте возведения монастыря находилось кладбище бездомных и странников, поэтому в первые века своего существования монастырь назывался также Божедомским или монастырём на Убогих Домах. Монастырь был достроен при царе Алексее Михайловиче за счёт средств, полученных благодаря сдаче в аренду землевладений, отчего в простонародье назывался также «комнатным».
В 1655 году возведён каменный монастырский собор Покрова Богородицы, выстроенный заново в 1806—1814 годах. В XVIII веке были возведены церковь Воскресения Словущего и 30-метровая трёхъярусная колокольня.
В конце XIX века, примерно с 1870 года монастырь был преобразован в Покровский миссионерский монастырь. В нём был создан миссионерский институт для подготовки монашествующих, желающих направиться в просветительские миссии.
Монастырь закрыт в 1920 году, храмы — в 1926 году. В 1994 году Покровский монастырь был возвращён Русской Православной церкви.
Настоящее время
В 1994 году Священный Синод принял решение о возобновлении Покровского монастыря в качестве женской монашеской обители.
2 мая 1998 года мощи блаженной старицы Матроны были торжественно перенесены в Покровский монастырь и упокоены в раке.
2 мая 1999 года Матрёна Никонова была прославлена в лике местночтимых святых как «блаженная Матрона Московская», а в 2004 году на Архиерейском соборе состоялась общецерковная канонизация.
Настоятельница — игуменья Феофания (Мискина) (возведена в сан игумении 4 апреля 1998 года).
к Дискуссиям 
