Церковь построена в начале XVII века.
В церкви Рождества Христова пять приделов. Первым, по преданию, был освящен северный придел, посвященный Николаю Чудотворцу. В покровительстве этого святого, считавшегося небесным патроном купцов, путешествующих, терпящих бедствие на воде, торговые люди Назарьевы особенно нуждались, так как они занимались всякими "большими отъезжими торги, и судовым большим промыслом". Этот придел, располагавшийся в подклете, - явление для Ярославля ХУII века довольно редкое, - был теплым, в нем стояла большая печь, облицованная зелеными "муравленными" изразцами (часть их сохранилась и находится в фондах Ярославского музея - заповедника).

Над Никольским приделом находится придел Петра и Павла. Сохранились фрагменты интересной системы отопления: горячий воздух поднимался из печи подклета по вертикальному внутреннему каналу и обогревал верхний придел.

На южном окончании галереи был установлен придел в честь пяти персидских мучеников, среди которых есть покровитель одного из основателей церкви - Акиндина, Пегасия, Афония, Елпидифора, Анемподиста.

В дъяконнике церкви находится придел Иоакима и Анны. К юго-западному углу храма примыкает Казанский придел, который был устроен в память о событиях польско-литовской интервенции.

Отдельного внимания заслуживает колокольня. Это не простая колокольня, столп с ярусом звона и шатровым завершением. Это ? сложная многофункциональная постройка, совмещающая в себе колокольню, двойные ворота, небольшую церковь «под колоколы» и башню с часами. Колокольня ? прямоугольная в плане, и по бокам центрального шатра поставлены две небольших шатровых башенки, подчеркивающие устремленность всего здания ввысь. Во втором ярусе была расположена небольшая церковь Гурия, Самона и Авива, окруженная открытой галереей. Шатер колокольни украшен рядами люкарн, украшенных разнообразными наличниками.