В синодальный период монастырь постепенно утратил свое положение, привилегии и значительную часть земельных владений. Его продолжали посещать государи: императрица Елизавета Петровна (1749 г.), при которой настоятелем монастыря был придворный проповедник архимандрит Гедеон, а также императрица Екатерина II (1762 и 1775 гг.). При Екатерине II митрополитом Платоном (Левшиным) был осуществлен проект размещения в стенах обители духовного учебного заведения — семинарии, которая находилась в царском дворце.