В Отечественную войну 1812 года неприятелю под монастырем был дан бой, задержавший продвижение французских войск к Москве на 6 часов. С 31 августа до 15 октября 1812 г. монастырь был занят неприятелем.
Благодаря чудесному заступничеству преподобного Саввы — явлению Звенигородского святого командиру 4-го корпуса французской армии, вице-королю Италии Евгению Богарне — святые мощи остались нетронутыми, хотя монастырь серьезно пострадал во время вражеского нашествия.В 1860 — начале 1870-х годов над пещерой была возведена церковь во имя преподобного Саввы Сторожевского, а рядом с ней построен ансамбль монастырского Скита. Первоначально он носил название «общежитийного отделения» и представлял собой целый монастырь с двумя церквами, кельями и хозяйственными службами, обнесенный каменными стенами с башенками.
Возникновение Скита произошло благодаря желанию и усердию нескольких людей: святителя Филарета (Дроздова), митрополита Московского, настоятеля Саввина монастыря епископа Дмитровского Леонида (Краснопевкова), звенигородского купца и фабриканта Павла Григорьевича Цурикова и наместника Саввинской обители о. Галактиона. Средства на устройство Скита и его содержание были пожертвованы П.Г. Цуриковым.