После Февральской революции к Марфо-Мариинской обители подошла толпа с винтовками, красными флагами и бантами. Сама настоятельница открыла ворота — ей объявили, что приехали, чтобы арестовать ее и предать суду как немецкую шпионку, к тому же хранящую в монастыре оружие.

На требование пришедших немедленно ехать с ними, великая княгиня сказала, что должна сделать распоряжения и проститься с сестрами. Настоятельница собрала всех сестер в обители и попросила отца Митрофана служить молебен. Потом, обратясь к революционерам, пригласила войти их в церковь, но оставить оружие у входа. Они нехотя сняли винтовки и последовали в храм.
Весь молебен Елизавета Федоровна простояла на коленях. После окончания службы она сказала, что отец Митрофан покажет им все постройки обители, и они могут искать то, что хотят найти. Конечно, ничего там не нашли, кроме келий сестер и госпиталя с больными. После ухода толпы Елизавета Федоровна сказала сестрам: «Очевидно мы недостойны еще мученического венца».
Весной 1917 года к ней приехал шведский министр по поручению кайзера Вильгельма и предложил ей помощь в выезде за границу. Елизавета Федоровна ответила, что решила разделить судьбу страны, которую считает своей новой родиной и не может оставить сестер обители в это трудное время.

Никогда не было за богослужением в обители столько народа как перед октябрьским переворотом. Шли не только за тарелкой супа или медицинской помощью, сколько за утешением и советом «великой матушки». Елизавета Федоровна всех принимала, выслушивала, укрепляла. Люди уходили от нее умиротворенными и ободренными.

Первое время после октябрьского переворота Марфо-Мариинскую обитель не трогали. Напротив, сестрам оказывали уважение, два раза в неделю к обители подъезжал грузовик с продовольствием: черный хлеб, вяленая рыба, овощи, немного жиров и сахара. Из медикаментов выдавали в ограниченном количестве перевязочный материал и лекарства первой необходимости.

Но все вокруг были напуганы, покровители и состоятельные дарители теперь боялись оказывать помощь обители. Великая княгиня во избежание провокации не выходила за ворота, сестрам также было запрещено выходить на улицу. Однако установленный распорядок дня обители не менялся, только длиннее стали службы, горячее молитва сестер. Отец Митрофан каждый день служил в переполненной церкви Божественную Литургию, было много причастников. Некоторое время в обители находилась чудотворная икона Божией Матери Державная, обретенная в подмосковном селе Коломенском в день отречения императора Николая П от престола. Перед иконой совершались соборные моления.

После заключения Брест-Литовского мира германское правительство добилось согласия советской власти на выезд великой княгини Елизаветы Федоровны за границу. Посол Германии граф Мирбах дважды пытался увидеться с великой княгиней, но она не приняла его и категорически отказалась уехать из России. Она говорила: «Я никому ничего дурного не сделала. Буди воля Господня!»
Спокойствие в обители было затишьем перед бурей. Сначала прислали анкеты — опросные листы для тех, кто проживал и находился на лечении: имя, фамилия, возраст, социальное происхождение и т.д. После этого были арестованы несколько человек из больницы. Затем объявили, что сирот переведут в детский дом. В апреле 1918 года, на третий день Пасхи, когда Церковь празднует память Иверской иконы Божией Матери, Елизавету Федоровну арестовали и немедленно вывезли из Москвы. В этот день святейший патриарх Тихон посетил Марфо-Мариинскую обитель, где служил Божественную Литургию и молебен. После службы патриарх до четырех часов дня находился в обители, беседовал с настоятельницей и сестрами. Это было последней благословение и напутствие главы Российской Православной Церкви перед крестным путем великой княгини на Голгофу.

Почти сразу после отъезда патриарха Тихона к обители подъехала машина с комиссаром и красноармейцами-латышами. Елизавете Федоровне приказали ехать с ними. На сборы дали полчаса. Настоятельница успела лишь собрать сестер в церкви святых Марфы и Марии и дать им последнее благословение. Плакали все присутствующие, зная, что видят свою мать и настоятельницу в последний раз. Елизавета Федоровна благодарила сестер за самоотверженность и верность и просила отца Митрофана не оставлять обители и служить в ней до тех пор, пока это будет возможным.

С великой княгиней поехали две сестры — Варвара Яковлева и Екатерина Янышева. Перед тем, как сесть в машину, настоятельница осенила всех крестным знамением.
Узнав о случившемся, патриарх Тихон пытался через различные организации, с которыми считалась новая власть, добиться освобождения великой княгини. Но старания его оказались тщетными. Все члены императорского дома были обречены.
Елизавету Федоровну и ее спутниц направили по железной дороге в Пермь.
Последние месяцы своей жизни великая княгиня провела в заключении, в школе, на окраине города Алапаевска, вместе с великим князем Сергеем Михайловичем (младшим сыном великого князя Михаила Николаевича, брата императора Александра II), его секретарем — Федором Михайловичем Ремезом, тремя братьями — Иоанном, Константином и Игорем (сыновьями великого князя Константина Константиновича) и князем Владимиром Палеем (сыном великого князя Павла Александровича). Конец был близок. Матушка-настоятельница готовилась к этому исходу, посвящая все время молитве.

Сестер, сопровождающих свою настоятельницу, привезли в Областной совет и предложили отпустить на свободу. Обе умоляли вернуть их к великой княгине, тогда чекисты стали пугать их пытками и мучениями, которые предстоят всем, кто останется с ней. Варвара Яковлева сказала, что готова дать подписку даже своей кровью, что желает разделить судьбу с великой княгиней. Так крестовая сестра Марфо-Мариинской обители Варвара Яковлева сделала свой выбор и присоединилась к узникам, ожидавшим решения своей участи.
Глубокой ночью 5 (18) июля 1918 г., в день обретения мощей преподобного Сергия Радонежского, великую княгиню Елизавету Федоровну вместе с другими членами императорского дома бросили в шахту старого рудника. Когда озверевшие палачи сталкивали великую княгиню в черную яму, она произносила молитву: «Господи, прости им, ибо не ведают, что творят». Затем чекисты начали бросать в шахту ручные гранаты. Один из крестьян, бывший свидетелем убийства, говорил, что из глубины шахты слышалось пение Херувимской. Ее пели новомученики Российские перед переходом в вечность. Скончались они в страшных страданиях, от жажды, голода и ран.  

Убиение преподобномученицы Елисаветы и ихже с нею

Великая княгиня упала не на дно шахты, а на выступ, который находился на глубине 15 метров. Рядом с ней нашли тело Иоанна Константиновича с перевязанной головой. Вся переломанная, с сильнейшими ушибами, она и здесь стремилась облегчить страдания ближнего. Пальцы правой руки великой княгини и инокини Варвары оказались сложенными для крестного знамения.
Останки настоятельницы Марфо-Мариинской обители и ее верной келейницы Варвары в 1921 году были перевезены в Иерусалим и положены в усыпальнице храма святой равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании.
Архиерейский Собор Русской Православной Церкви в 1992 году причислил к лику святых новомучеников России преподобномученицу великую княгиню Елизавету и инокиню Варвару, установив им празднование в день кончины — 5 (18) июля.

 Святая преподобномученица великая княгиня Елисавета Феодоровна. Икона