Следующим Омским владыкой стал епископ Михаил (Ермаков). Он родился в Санкт-Петербурге 31 июля 1862 г. Образование получил в Киевской духовной академии, которую закончил со степенью кандидата богословия. Преподавал в духовных семинариях. Епископом стал 31 января 1899 г. для Черниговской епархии. С 6 сентября 1903 г. назначен епископом Омским и Семипалатинским.
Современники характеризовали его как оратора, сердечного, доброго и глубоко верующего мягкого характера человека. За 2.5 года он объехал почти всю епархию. При владыке Михаиле в Омской епархии был построен и начал работу Омский свечной завод. Почти завершилось строительство Архиерейского дома с домовой церковью и здания консистории. 9 декабря 1905 г. владыка был переведен в г. Гродно.