С 9 октября 1963 г. управляющим епархией назначен епископ Николай (Кутепов). В 1964 г. 24 приходов открытых после войны осталось 13 (5 в Омской обл.). 14 октября 1964 г. Хрущев был смещен со своего поста. Новое руководство поставило борьбу с религией на второй план хотя установок своих не изменило. С этого времени почти прекращается беспричинный перевод архиереев из города в город. Владыка Николай служил в Омске до 16 декабря 1969 г. Зарекомендовал себя как добрый, отзывчивый человек любил совершать богослужения.