С июля 1959 г. по 3 апреля 1961 г. управляющим епархии являлся епископ Сергий (Ларин). Волна антицерковной борьбы сполна достигла Омскую епархию. В Тюменской обл. были закрыты часть приходов. Было запрещено пользоваться все автомобили, которыми располагали приходы. В Исилькульской церкви забрали лошадь. Но, несмотря на все меры правительства вера была сильна в людях, в Омской области число зарегистрированных крещений составило 9163 человека (20 % от всех народившихся).